Preclusa ogni possibilità che lo Stato italiano riconoscesse l’Ordine dei Cavalieri di S. Stefano P. & M., grazie all’assiduo impegno dell’Ambasciatore Barone Ammiraglio Pompeo Aloisi con Regio Decreto 14/9/1939 n. 1433 venne eretta in Ente Morale posta sotto l’alto patronato del Principe di Piemonte Umberto di Savoia la Fondazione Istituzione dei Cavalieri di S. Stefano con sede in Pisa “per incrementare le tradizioni marinare della popolazione italiana, e di provvedere all’assistenza morale, economica , professionale e sanitaria dei già militari del C.R.E.M. (Corpo Reale Equipaggi Marittimi), dei pescatori e dei marinai poveri e delle loro famiglie”.
Nel dopoguerra lo Statuto venne modificato stabilendo che l’Istituzione doveva svolgere attività scientifiche e storico-culturali rivolte a perpetrare il ricordo e le tradizioni del Sacro Militare Ordine dei Cavalieri di S. Stefano nonché, più in generale, di perpetrare le tradizioni marine italiane del passato e del presente, cosa che l’Istituzione stessa attua con rigore scientifico attraverso i suoi convegni di studio e la sua produzione storiografica.
Il Consiglio dell’Istituzione attualmente è composto dai rappresentanti di:
- Comune di Pisa;
- Provincia di Pisa;
- Università degli Studi di Pisa;
- Ministero della Difesa – Marina;
- Fondazione Cassa di Risparmio di Pisa;
- Ministero dell’Università e Ricerca;
- Camera di Commercio di Pisa;
- Ministero delle Infrastrutture e dei Trasporti.